Типы диаграмм
=============

.. _diagram_types:

В настоящее время в BioUML используются следующие графические нотации и соответствующим им типы моделей:

-   **Математическая модель (Mathematical model)** - модель, состоящая из обыкновенных дифференциальных уравнений (ОДУ), алгебраических уравнений и событий. Никакие сущности или реакции между ними не используются;
-   **Иерархическая модель (Composite model)** - модель, которая может содержит модули (подмодели), каждая из которых содержит ОДУ с событиями. Численные расчеты проводятся путем трансформации модели в "плоскую", не иерархическую модель, содержащую ОДУ с событиями;
-   **Модель SBML в нотации SBGN (SBML in SBGN notation)** - модель, имеющая математический формализм, описанный стандартом SBML, использующая графическую нотацию SBGN;
-   **Иерархическая модель SBML в нотации SBGN (SBML comp in SBGN notation)** - иерархическая модель, имеющая математический формализм, описанный стандартом SBML, использующая графическую нотацию SBGN;
-   **Популяционная модель (Population-based model)** - содержит основную структурную модель, которая представляет собой математическую модель процесса изучения (например, динамики лекарств в организме) и предполагает распределение параметров модели по популяции;
-   **Агентная модель (Agent-based model)** - иерархическая модель, которая может содержать модули различного формализма и типа (модели ОДУ, модели УЧП (уравнения в частных производных), скрипты, специальные модули);
-   **Артериальное дерево (Arterial tree)** - модель кровотока в артериальном дереве. Описывает строение и свойства (площадь и эластичность) сосудистого русла. Численное моделирование предоставляет информацию о кровотоке (давлении, скорости потока) в каждом конкретном сосуде дерева;
-   **Модель мозга (Brain model)** - модель мозга на региональном или клеточном уровне;
-   **Модель BioNetGen (BioNetGen model)** - Модель BioNetGen Language (BNGL) со специальным графическим обозначением;
-   **Модель EndoNet (EndoNet diagram)** - XML диаграмма (диаграмма EndoNet);
-   **Метаболический путь (lipicomic.xml)** - XML-диаграмма (Метаболический путь (KEGG-модифицированный)).